双鱼的CNTN5基因 综合讨论组

Gedmatch提示未检出数量异常地高,错配机率高?

刚出炉的数据上传到Gedmatch获得此提示:
 
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Number of SNPs utilized by GEDmatch template = 436895
Number of regular SNPs = 422547
Heterozygosity index = 0.27308621064558 (fraction of total SNPs that are heterozygous)

No-calls = 13966 = 3.1966490804427 percent.

This kit has an unusually high number of no-calls, which usually results in a larger number of false matches.
 
Gedmatch提示未检出数量异常地高,错配机率高,请问这正常吗~ 不是说有60万个位点吗?少了16万个点~
2016-08-13 • IP属地广州
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1 个回复

wang - 哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
43万指的是你的数据和Gedmatch的template模板数据重合的位点数目,WeGene的原始数据会被Gedmatch识别为23andme的V2版,并不是说WeGene给您检测的位点只有43万。打开您的原始数据的txt文件,看下有多少行就是WeGene这版芯片检测了多少位点了,我的是596744个位点。

No call rate一般和DNA的质量有很大关系。No-calls = 13966 = 3.1966490804427 percent. 还好,说明您的数据没有什么大问题,在ftDNA这个rate也会有不少是在3%左右,不会对后续分析有影响,请放心。
 

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