Ancestry, 23andme和WeGene检测数据比较

最近比较了一下公司几个做了Ancestry，23andme和WeGene检测的同事的数据，给大家罗列一下基本情况。下面所说的检测数据都是从各自网站上下载的数据。

总位点数

当前三家下载的数据中显示的位点数分别为：

• Ancestry：701479
• 23andme：610544
• WeGene：596744

Ancestry的位点数量明显比其他两家多，23andme和WeGene没有明显区别。因为下载的数据通常都是经过Imputation分析后的结果，所以在几十万个位点这种数据量级上，下载的数据中的位点数量跟实际检测位点数并没有必然关系。

位点重叠情况

三家公司的数据中的位点的重叠情况如下:

• Ancestry & WeGene: 262944
• Ancestry & 23andme: 307481
• 23andme & WeGene: 460996
• Ancestry & 23andme & WeGene: 258607

可以看出，WeGene跟23andme的重叠率很高，这从WeGene检测的技术白皮书里也能看到。Ancestry跟WeGene和23andme的重叠率也超过40%，位点数超过了25万个位点。如果用于大规模人群的基因组群体研究和分析，这三家所积累的数据是可以整合在一起使用的。

位点在染色体上的分布情况


 
三家的位点在各个染色体上的分布见上图。常染色体基本上一致，稍微奇葩点的是Ancestry在线粒体上没有位点，在Y染色体上的位点不足一千个，而WeGene在Y染色体上有超过2W个位点——WeGene对Y单倍群分析是真爱啊。
 

利益相关：我是WeGene的~~~