大家可以把自己的原始数据上传到GEDmatch和SNPedia进行相应的分析啦~

先简单介绍一下两个网站——
  1. GEDmatch.com 是一个利用基因组信息进行家系及亲缘分析的网站。用户可以上传自己的基因组数据,与其他用户上传的数据进行比对,分析与他们的亲缘远近及发现未知的家系关系。
  2. SNPedia 是一个开放的SNP位点维基百科。他们提供了一个叫做Promethease的服务。用户可以上传自己的基因组数据,SNPedia会根据他们已有的信息,分析用户的基因特征,如疾病风险等。每次收费五美元。
 
现在,他们都已经支持WeGene原始数据的导入啦!支持WeGene原始数据的导入啦!支持WeGene原始数据的导入啦!重要的事情说三遍。下面我们就来看看如何使用——
 
GEDmatch.com
  1. 首先在我们的网站上下载你的原始数据:页面右上角点击`设置`-> `隐私` -> `基因数据下载`。输入密码后下载文件。
  2. 因为目前我们提供的原始数据是纯文本格式的,而GEDmatch只支持压缩文件,你需要先把下载后的数据文件压缩成.zip格式。 
  3. 到 GEDmatch.com 注册一个账号。
  4. 在网站首页右侧`File Uploads`里选第二项`WeGene upload`。填写一下名字或昵称,选择相应的性别并同意数据进入公共数据库。选择相应的文件并点击`Upload`。
    Screen_Shot_2016-04-08_at_9.56_.17_AM_.png
  5. 上传开始,因为速度较慢,注意不要反复点击按钮。因为他们服务器在国外,如果跳到了页面加载失败的页面再重试。可以挂VPN后上传。
  6. 上传完成后,会转到一个新页面,不要关闭或刷新页面,等待一段时间以后,页面上会显示一个标红的ID(如M000000)。这份数据就上传完成啦。回到首页,你会发现在左下角`Your DNA Resources`里出现了该ID。
  7. 隔一段时间以后(通常是数小时),可以点击`Analyze Your Data`里的`One-to-many matches`工具查询你的数据与其他用户数据的远近。在打开的页面里输入你的数据ID,选择要用常染色体还是X染色体数据分析,点击`Display`即可看到结果。结果里会给出亲缘关系较近的用户,其中`Gen`一列显示你和他们之间隔了大约几代。
 
SNPedia/Promethease
  1. 与GEDmatch一样,下载你的原始数据,无需压缩。
  2. 去到Promethease首页,点击其中的`Upload Raw Data`上传文件(较慢,同样建议VPN)。
    Screen_Shot_2016-04-11_at_8.04_.21_AM_.png
  3. 上传完成后,点击`Purchase for $5`,输入一个有效的邮箱地址,然后付钱,支持支付宝哦。
  4. 付费完成后,数据就会开始分析。等一段时间后,可以在邮箱收到报告到Promethease网站查看。也可以在网站上下载。数据在网站上保留45天。
  5. 报告上主要会根据上传的基因组数据判断你的健康风险。
    Screen_Shot_2016-04-11_at_8.16_.25_AM_.png
 
有兴趣的同学们可以尝试起来啦,有任何问题欢迎报告~
2016-04-11 • IP属地加拿大
按热门排序    按默认排序

45 个回复

同问,是上传十几兆核心数据还是两百多兆的扩展数据
谢谢楼主,让我学到了不少好玩的东西。我做完了,把我的结果整理了一下,在知乎上发了个帖子(知乎上传图片更方便)。https://www.zhihu.com/question/28689086/answer/157724705?group_id=840123380505124864。如果大神有兴趣看看,看到我有什么分析的不对的地方,请帮忙指出来。
SNPedia上说,“WeGene Chinese company with an East Asian population focus, but some data quality issues currently make it unreliable for use with Promethease.”
 
是基因检测数据有质量问题?
 
来自页面https://www.snpedia.com/index.php/Testing
Promethease 显示 wegene not supported (*ゝω・)
这个消息不错
huyu2016 - WeGene末席关注师
真好~
屏幕快照_2016-04-11_上午9.47_.53_.png
cedre - -----------------------------------------------------------
GEDmatch上传了好几次,但是老说我没有打包,然而我已经zip过了,不解
liuyangyu - 0603
就不能代替上传和付款么?分析结果中转回来,可以收个劳务费啊!
xiaoyuvax - We are but codes
两个网站都上传了。还是SNPedia比较有趣。如果需要帮忙的朋友可以跟我联系。但前提是你要授权我看你的数据。
what does the P in SNPedia stand for?注册时这个问题怎么回答?
请问一下是上传扩展的全基因数据吗?
shawnch - 寻根!
SNPedia现在不支持wegene上传了。试了两次都一样。
GEDmatch无法注册,无论有无填写内容,每次网页注册都显示的是"Go away1"
GEDmatch的问题应该已经修复啦,大家可以再尝试一下~
不错
wang - 哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
赞!
求代操作
静候原始数据出来~~
Fizben - 对不起,我还活着。
请问如何获得自己的原始数据呢??报告的出了,在哪里查询和下载原始数据?
我的报告出来一个月了,数据还在处理中
请问原始数据怎么下载===我已经找到了,抱歉
现在还可以吗?
natsumi - 999用户
我的报告已经出来几天了,但是点击下载原始数据的时候,提示“暂仅支持wegene格式的数据”,但我只有wegene的数据啊,下载不能?如果数据还没准备好,那么分析报告怎么来的,晕。
其实,亲缘近代表什么呢?不知道原生家庭的人表示困惑。
gedmatch网站分析完one to many了,然后怎么看呢?
桥豆玛德 - 陕西西安
(156)错误:文件类型= ZIP
文件名称必须包含一个名称、一个点,GED紧随其后
getmatch已经上传,snpdia的结果10分钟就出来了,密密麻麻一大篇子,看的真累。只是想了解健康风险,不知道什么方式筛选比较好?是不是选好人种,frequency设高一点,magnitude从高到低排就好了?有些点位揭示的风险疾病,我听都没听过啊。。。
码一个
kjlu426 - 爱学生物的基因猫
挣扎着上SNP,各种慢。。。
根本没有这个入口 第一个网站没有跟微基因对接的
您好,想请教一下,在GETmatch中,我用好压将二百多txt文件压缩到八十多兆,可上传好几遍都没成功?如图。求解๏︿๏谢谢您了!
小群子 - QueenKong
我和你一样的状况。。。
麻烦大神看看,5.2代是阴性还是阳性?
 
还有一个
ERROR: File appears to be too large to be a Zipped file. If the file is unzipped, please zip the file before uploading. Halt.
 
怎么肥四?
up
好消息,现在SNPedia新年免费!
SNPedia 不知道怎么整
波风若川 - 你是轻轻掠过身体的风…
现在要10美元了,SAD
qqcoolj - O1a
gedmatch 没有找到wegene upload选项,只有Generic Upload FAST,现在还能上传数据吗,还是直接传就可以。
好贴
哪个准呢
魏家豪 - R1a-Y934-R-Y83905
为什么我上传了Gedmatch是
(197) ERROR: File type = ZIP
File name must consist of a name, a dot, followed by GED
我看不懂英文
‭sneer - test
promethease不支持了?
WeGene is not supported
 

要回复问题请先登录注册