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用Python绘制发育树
概述:
编程语言:python3.8
模块:biopython
可选:jupyter
整体思路:绘制发育树
本次教程案例:母系单倍群A8a的分化树
步骤:
1. 在txt上按照 (子支1,子支2)母支 来写txt文档,若需要加上MRCA,格式:(子支1:MRCA1,子支2:MRCA2)母支:MRCA3
2. 以newick格式读取该txt文件,并使用common_ancestor().color语句设置颜色。这里我是按照地理分布分别标记颜色。不过比较郁闷的是没法设置图例。。。我现在正在github上pull request,看看以后能不能加上吧。
手动图例:
红:东亚
绿:中亚
蓝:北亚
黄:西欧亚
结果展示:
编程语言:python3.8
模块:biopython
可选:jupyter
整体思路:绘制发育树
本次教程案例:母系单倍群A8a的分化树
步骤:
1. 在txt上按照 (子支1,子支2)母支 来写txt文档,若需要加上MRCA,格式:(子支1:MRCA1,子支2:MRCA2)母支:MRCA3
2. 以newick格式读取该txt文件,并使用common_ancestor().color语句设置颜色。这里我是按照地理分布分别标记颜色。不过比较郁闷的是没法设置图例。。。我现在正在github上pull request,看看以后能不能加上吧。
手动图例:
红:东亚
绿:中亚
蓝:北亚
黄:西欧亚
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