Genealogy
全基因组测序
全基因组测序统计信息比较
有个网站可以方便地得到全基因组测序的统计信息:https://qual.iobio.io/
这是我的微基因菁英版结果
还有个工具也能得到类似的信息: https://wgsextract.github.io/
从统计信息看,我的Mapped reads比较低,才86.89%, 95%以上才是较为理想的。从每一条染色体来看,有6条染色体均未达到30x的测序深度,很多是27x,就差个那么一点。总的23条染色体的测序深度平均下来是31x,刚刚过了30x的合格线。
Mapped reads比较低是什么原因?除了可能样本里细菌比较多,其他原因呢?@费力科思
各位测过微基因全基因组或者其他公司全基因组的都来比较看看
总体来看,我这个数据只是刚刚及格吧
这是我的微基因菁英版结果
还有个工具也能得到类似的信息: https://wgsextract.github.io/
从统计信息看,我的Mapped reads比较低,才86.89%, 95%以上才是较为理想的。从每一条染色体来看,有6条染色体均未达到30x的测序深度,很多是27x,就差个那么一点。总的23条染色体的测序深度平均下来是31x,刚刚过了30x的合格线。
Mapped reads比较低是什么原因?除了可能样本里细菌比较多,其他原因呢?@费力科思
各位测过微基因全基因组或者其他公司全基因组的都来比较看看
总体来看,我这个数据只是刚刚及格吧
6 个回复
赞同来自: [已注销] 、WeGene_0571ADCD 、式微何须归
https://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome#Human_chromosomes
赞同来自: [已注销] 、大灰狼
ps,一般说30X也是说genome-wide的30X,泊松分布嘛,分染色体看肯定有不到30X的,约短的波动越大
赞同来自: [已注销]
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