线粒体单倍群树的根节点，代表了我们所有人最近的共同母系祖先，她生活距今约20万年前的非洲，被称为“线粒体夏娃”。

线粒体谱系树主要被分成3个超级单倍群，分别用三个连续的字母L, M, 和N来代表。L是人类最古老的支系，从中分支出了L0以及L1-6. L1-6又分化出了其他的L分支，其中的L3分支又产生出了下游的M和N单倍群。

单倍群M是人类第一次走出非洲的主要单倍群，他们一直沿着南部海岸线向东迁徙。M的下游单倍群在东非、亚洲、美洲、美拉尼西亚等地广泛分布，但几乎未在欧洲出现。单倍群N可能代表了另一波走出非洲的人类，与单倍群M不同的是，N系人群出非洲后向北迁徙而不是向东行进。走出非洲后不久，庞大的R单倍群从N中分化了出来。R单倍群由根据地理分布定义的两个大支组成，一支主要分布在南亚和大洋洲，另一支则包含了几乎所有的欧洲群体。单倍群N（x R），也就是属于N但不属于R分支的单倍群， 是澳大利亚原住民的代表类型， 该类型同时还低频率分布于欧亚大陆和美洲。