线粒体DNA是在细胞核之外的独特的环状DNA。 不同于父系祖源的Y染色体的遗传方式，受精卵中的线粒体DNA一般只来自于母亲提供的卵子，也就是只能由母亲传递给子代。 由于线粒体的在遗传过程中也不会出现同源重组现象，因此儿子、女儿都会继承几乎与母亲完全相同的的线粒体DNA。线粒体DNA是类似原核生物的环形DNA，其在复制过程中比Y染色体由更高的几率发生突变，这样的突变在人类族群的数万年的演化历史中会被积累下来，被分子人类学家用于推演族群的演化历史，我们称之为母系祖源。

有研究表明，现代智人最早是从非洲出现的。根据母系祖源推算的所有人的女性最近共同祖先（the most recent common ancestor），也就是线粒体夏娃（Mitochondrial Eve ）出现在距今大约200000年前的非洲。

根据不同族群的线粒体（MT）数据，分子人类学家建立了树状的MT单倍群图谱，这个树上每一个节点都对应了一个单倍群，用于代表有相似突变的线粒体。WeGene通过用户的检测结果和参考的MT单倍群树结构的比较，可以准确预测其MT单倍群，从而追溯母系祖源的起源、演化和迁徙历史。

WeGene参考了由中科院发表的MT单倍群分型方法，可以快速准确的预测用户的MT单倍群。该检测参考了phylotree公布的MT单倍群树，通过比较用户的MT检测结果，对树上的每一个单倍群都进行了打分，得分最高的单倍群将会被认为是用户的最佳匹配单倍型。 WeGene现在提供非常高准确性的MT单倍群分型结果，并提供了phylotree参考树上所有检测位点匹配情况，便于比较查阅。

• Brown W M, Jr G M, Wilson A C. Rapid evolution of animal mitochondrial DNA[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1979, 76(4):1967-1971.
• Soares P, Ermini L, Thomson N, et al. Correcting for purifying selection: an improved human mitochondrial molecular clock.[J]. American Journal of Human Genetics, 2009, 84(6):740.
• Fan L, Yao Y G. MitoTool: A web server for the analysis and retrieval of human mitochondrial DNA sequence variations[J]. Mitochondrion, 2011, 11(2):351.

• 2018.5 - 更新到了 ISOGG 2018 版单倍群树
• 2016.12 - 部分单倍群信息校正